11 ноября 1998 года под Красноярском через несколько минут после взлета из аэропорта Емельяново из-за обледенения упал самолет Ан-12Б авиакомпании "Вилюй". Погибли 13 человек - 7 членов экипажа и 6 пассажиров.
22 мая 2001 года близ деревни Мякотино Зубцовского района Тверской области вскоре после взлета потерял управление и врезался в лес Ан-12МГА 226-го отдельного смешанного авиаполка ВВС России. Погибли 7 членов экипажа.
29 июля 2007 года вблизи московского аэропорта Домодедово разбился самолет Ан-12БП авиакомпании "Атран", выполнявший рейс Москва-Братск. Катастрофа произошла из-за попадания птиц в два правых двигателя, которые сразу же отказали. Погибли 7 человек, находившихся на борту.
25 мая 2008 года под Челябинском потерпел катастрофу Ан-12Б компании "Московия", выполнявший рейс в Пермь. Спустя 10 минут после взлета с челябинского аэродрома Баландино, экипаж сообщил о задымлении в салоне и намерении совершить аварийную посадку. При снижении самолет задел линию электропередачи, упал и загорелся. Погибли 9 человек.
9 августа 2011 года в Магаданской области экипаж Ан-12АП авиакомпании "Авис-Амур" доложил диспетчеру о пожаре в двигателе и экстренном снижении, после чего связь оборвалась. Разбившийся самолет был обнаружен спасателями через сутки, все 11 человек, находившиеся на борту, погибли. Как установили эксперты, причиной катастрофы стала течь топлива, которая привела к пожару левого крыла. Огонь повредил механизмы управления и конструкции крыла, из-за чего самолет вошел в крен и упал.
26 декабря 2013 года транспортный самолет Ан-12 разбился под Иркутском, в результате погибли 9 человек.